制藥用粒子計數器基本原理是光學傳感器的探測激光經塵埃粒子散射后被光敏元件接收并產生脈沖信號，該脈沖信號被輸出并放大，然后進行數字信號處理，通過與標準粒子信號進行比較，將對比結果用不同的參數表示出來。空氣中的微粒在光的照射下會發生散射，這種現象叫光散射。光散射和微粒大小、光波波長、微粒折射率及微粒對光的吸收特性等因素有關。但是就散射光強度和微粒大小而言，有一個基本規律，就是微粒散射光的強度隨微粒的表面積增加而增大。這樣只要測定散射光的強度就可推知微粒的大小，實際上，每個粒子產生的散射光強度很弱，是一個很小的光脈沖，需要通過光電轉換器的放大作用，把光脈沖轉化為信號幅度較大的電脈沖，然后再經過電子線路的進一步放大和甄別，從而完成對大量電脈沖的計數工作。此時，電脈沖數量對應于微粒的個數，電脈沖的幅度對應于微粒的大小。
制藥用粒子計數器使用注意事項：
1.粒子計數器主要用來測試凈化車間干凈的環境，當測的地方有松散顆粒的材質，灰塵源，噴霧處時，須最少保持距進口管至少十二英寸遠。以免以上的顆粒及液體污染傳感器及管路。
2.應該在潔凈環境下使用，以防止對激光傳感器的損傷。
3.當入口管被蓋住或被堵塞，不要啟動計數儀。
4.沒有高壓減壓設備（如高壓擴散器）不要取樣壓縮空氣，所有的計數器被設計用于在一個大氣壓下操作。儀器的工作位置和采樣口應處于同一氣壓和同一溫濕度環境下，保證儀器正常工作。
5.水，溶液或其它液體都不能從入口管進入傳感器。
6..禁止抽取含有油污、腐蝕性物質的氣體，也不要測有可能產生反應的混合氣體（如氫氣和氧氣）。這些氣體也可能在計數器內產生爆炸。
7.取樣時，避免取樣從計數器本身排出來的氣體所污染的氣體。
8.在連接外置打印機或連接外接溫濕度傳感器時，需先關掉計數器；當執行打印操作時，打印機上須有打印紙，否則會損傷打印頭。
9.在搬運粒子計數器時，應輕搬輕放，少受振動、沖擊，尤其是對于臺式的粒子計數器，更加要小心，以免損壞內部元件。
